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二代测序结果阴性的X连锁Alport综合征基因诊断策略

作者:王晓媛 等 日期:2021-02-18 浏览量:665

第八届北京罕见病学术大会暨2020京津冀罕见病学术大会征文(47)

北京大学第一医院

王晓媛,王芳,丁洁

目的:建立二代测序结果阴性的X连锁Alport综合征基因诊断策略,提高该疾病的基因诊断率。

方法:选择一名诊断X连锁Alport综合征(依据皮肤IV型胶原α5链染色阴性)而二代测序未检测到COL4A5基因突变的男性患者为研究对象,经皮肤活检获得其皮肤标本进行成纤维细胞培养。用TRIzol法提取皮肤成纤维细胞RNA,经逆转录-PCR扩增COL4A5基因全部编码区,进而直接测序。

结果:该患者皮肤成纤维细胞检测到COL4A5基因r.609_r.610 ins[609+751_609+878](p.Gly204Valfs*7)变异;从外周血基因组DNA扩增测序COL4A5基因IVS10,发现c.609+879A>G半合变异。该变异为深部内含子变异,尚未被报道,未在正常人群数据库(ExAC、1000G)中检出。

结论:分析X连锁Alport综合征皮肤成纤维细胞COL4A5基因mRNA,可以检测到该深部内含子变异,弥补了二代测序不能检测深部内含子变异的缺陷,提高了该疾病的基因诊断率。