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通过对一名中国肾病男孩全基因组测序的再分析鉴定NPHP3基因中的一个剪接变异c.3813-3A>G

作者:支秀芳 等 日期:2023-05-25 浏览量:282

第十届北京罕见病学术大会暨2022京津冀罕见病学术大会征文(137)

1天津医科大学

2天津市儿童医院(天津大学儿童医院),天津市儿科研究所,天津市儿童出生缺陷防治重点实验室

3天津市儿童医院肾脏科

支秀芳1,张新杰2,王欣3,董妍1,舒剑波2,王文红3,蔡春泉2

通讯作者:蔡春泉

目的:肾消耗病NephronophthisisNPHP)是一种常染色体隐性囊性肾病,以肾小管损伤为特征,常导致终末期肾病。本研究通过对一名中国肾病男孩的全基因组测序的再分析,鉴定出NPHP3基因中的一个内含子c.3813-3A>G,并探究该变异对mRNA剪接的影响。

方法:我们报告一例中国4岁男孩因持续性贫血入院。采用全外显子组测序(WES)来确定候选变异。通过软件(三个硅剪接工具)预测了内含子变异对mRNA剪接的影响。此外,我们进行了体外minigene实验,验证该内含子变异的有害影响。

结果:患者表现为严重贫血、肝肾功能不全。经检查还发现双侧胸腔积液、盆腔积液及眼底异常。WES在先证者中鉴定出一个纯合子的NPHP3变异c.3813-3A>G (NM_153240.4)。所有的剪接位点预测软件和minigene体外实验均表明,该变异对NPHP3基因mRNA的正常剪接模式均有影响。具体来说,该变异激活了一个潜在的内含子剪接受体,导致在2627外显子之间的编码区插入2bp的碱基,从而导致读码框帧移,从而导致翻译的提前终止。

结论:我们的研究证实了c.3813-3A>G变异对NPHP3体外剪接的影响,为该变异的临床意义提供了额外的证据,为肾消耗病的遗传学诊断提供了依据。此外,我们认为当临床信息进一步完善后,WES数据的重新分析是十分必要的,以避免遗漏一些重要的候选变异。

建议在完整的临床信息收集后对WES数据进行分析,以避免遗漏一些重要的候选变异。