特殊门诊是指符合规定的大病、慢性病、在门诊治疗时可以按照住院报销的方式进行报销。

北京市特殊病门诊包括17种疾病（见下方）

对于需要进行特殊门诊的患者，通常需要参保人提交申请，并凭借医保卡到所需医院填写特殊病种的门诊申请表，同时携带相关的病历资料、个人资料，选择特定的一家医院和一家特殊门诊服务药店进行购药。

申请后通过医院、专家的评审，若审核通过，则发放特殊门诊专用的病历，患者可携带医保手册以及特殊门诊专用病历，享受每个月的基本医疗保险的待遇。由于该类患者，无须住院，但需长期购药，故通过特殊门诊，可以减少自身的经济负担。

患者原则上只能享受一种特殊门诊的待遇，但经过评审符合两种及以上的特殊门诊疾病纳入标准，可自主选择其中一种疾病享受待遇，并在此病的基础上再增加一定费用的医疗费用额限。

由于每个地区的特殊门诊所办理方式不同，若患者需要前往特殊门诊购药以及咨询，需要前往当地医院，根据医院出具的材料进行申报就诊。

北京市医疗保障局网站2025年6月公布的门特病种如下：

（1）恶性肿瘤门诊治疗（例如，各类癌症、白血病、恶性淋巴瘤等）

（2）肾透析

（3）肾移植术后抗排异治疗

（4）血友病

（5）再生障碍性贫血

（6）肝移植术后抗排异治疗

（7）肝肾联合移植术后抗排异治疗

（8）心脏移植术后抗排异治疗

（9）肺移植术后抗排异治疗

（10）多发性硬化

（11）眼底病变眼内注射治疗

（12）重性精神病

（13）肺动脉高压靶向治疗

（14）耐多药结核

（15）C型尼曼匹克病

（16）中重度过敏性哮喘生物制剂治疗

（17）特发性肺纤维化抗纤维化治疗