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皮肤成纤维细胞RNA测序在线粒体病中的应用

作者:刘志梅 等 日期:2023-10-07 浏览量:337

第十一届北京罕见病学术大会暨2023京津冀罕见病学术大会征文(020)

1.国家儿童医学中心,首都医科大学附属北京儿童医院神经内科

2.首都医科大学宣武医院儿科

3.赛福解码(北京)科技有限公司

4.郑州大学第三附属医院儿科

刘志梅1,邹颖2,王佳3,鲍成佳3,佟笑1,王俊玲4,段若愚1

韩萧迪1,宋天羽1,徐超龙1,王明钊1,蒋华芳1,段昕1,赵丹1

代丽芳1,徐曼婷1,方方1

 

目的:探讨皮肤成纤维细胞RNA测序在线粒体病中的应用价值。

方法:获取88例皮肤成纤维细胞样本(3例无神经系统疾病,85例为线粒体病,其中未确诊41例,已有候选基因/变异38例,确诊6例),皮肤成纤维细胞RNA使用RNeasy试剂盒提取,使用Agilent 2100 BioAnalyzer进行RNA完整性值(RIN)检测。利用illumina测序平台进行RNAseq测序,测序模式为:150PE Q30>85%,测序量>12G

结果:85例线粒体病中,最常见的为Leigh综合征,其次为发育性癫痫性脑病、遗传性白质脑病及其他。RNA测序共发现32件异常事件,包括异常表达(AE)、异常剪切(AS)、单等位基因表达(MAE)。在未确诊的41例病人中,共有9例异常事件,发现5ECHS1候选基因、1TBK1候选基因和1HOX家族基因异常表达,将线粒体病诊断率提高12%5/41),除此之外,进行进一步功能研究,有望进一步提高诊断率;已有候选基因的38例病人中,共有18例异常事件,帮助确定意义未明变异致病性,增加功能学证据,另外20例未发现异常事件,其中2例内含子区候选变异未导致RNA异常剪切或表达,致病性未明,可能非候选变异;确诊的6例病人中,除一例阴性外,其余均发现异常事件,进一步增加功能学证据。

结论:皮肤成纤维细胞RNA测序在线粒体病诊断中有一定的应用价值,结合DNA测序不仅可帮助确定意义未明变异致病性,增加功能学证据,而且有助于发现新的致病基因或异常代谢通路,辅助线粒体病诊断。